ChIP Chop是一种改进的染色质免疫沉淀。其借助甲基化依赖性内切酶McrBC将DNA上富含嘌呤—胞嘧啶的位点进行水解，而低甲基化位点则不受影响。通过该方法可检测与特异抗原结合的DNA是否高度甲基化。